Global distance test とは

「全スコア」を表すGDT TSとしても書かれている地球距離試験(GDT)は、同一のアミノ酸配列を有するが三次構造が異なる2つのタンパク質構造間の類似性の尺度である。これは、X線結晶学またはタンパク質NMRによって測定されるように、タンパク質構造予測の結果を実験的に決定された構造と比較するために最も一般的に使用される。このメトリックは、より一般的なRMSDメトリックよりも正確な測定を目的としています。これは、他の点では合理的に正確な構造内の個々のループ領域のモデリングが悪いために生じる外れ値領域に敏感です。 GDT_TS測定は、現在のモデリング技術を評価し、その主要な欠点を特定することに専念した構造予測コミュニティの大規模実験であるCASP(Critical Assessment of Structure Prediction)の結果の主要評価基準として使用されます。一般に、GDT_TSが高いほど、与えられたモデルが基準構造と比較して優れている。
GDTスコアは、実験構造におけるそれらの位置の規定された距離カットオフ内に入るモデル構造中のアミノ酸残基のアルファ炭素原子の最大セットとして計算される。いくつかのカットオフ距離の下でGDTスコアを計算するのが一般的であり、スコアは一般にカットオフの増加と共に増加する。この増加のプラトーは、実験的な構造と予測された構造との間の極端な相違を示すことができ、その結果、妥当な距離の任意のカットオフに追加の原子が含まれない。
高精度バージョンのGDT測定値はGDT-HAと呼ばれます。これは、より短いカットオフ距離(GDT_TSの半分のサイズ)を使用するため、より厳密です。