Protein chemical shift re-referencing とは

タンパク質化学シフトの再参照は、割り当てられたNMR化学シフトをタンパク質化学シフト参照のIUPACおよびBMRB推奨標準に適合するように調整する事後割り当てプロセスである。 NMRシフトでは、通常、NMRサンプルに溶解した内部標準を参照します。これらの内部標準は、テトラメチルシラン(TMS)、4,4-ジメチル-4-シラペンタン-1-スルホン酸(DSS)およびトリメチルシリルプロピオネート(TSP)を含む。タンパク質NMR分光法では、推奨される標準はDSSであり、これは(TSPとは異なり)pHの変動に鈍感である。さらに、DSS 1H信号は、単純比計算「1」を使用して間接的に13Cおよび15Nシフトを参照するために使用されてもよい。残念なことに、多くの生体分子NMR分光法研究室では、1H、13Cまたは15Nの "ゼロ点"化学シフト位置を決定するための非標準的な方法を使用しています。この標準化の欠如は、異なる研究室間で同じタンパク質の化学シフトを比較することを困難にする。また、化学シフトを使用して、二次構造を適切に同定または割り当て、または化学シフト精密化を介して3D構造を改善することを困難にする。化学シフトの再参照は、これらの参照エラーを修正し、研究所間のタンパク質化学シフトの報告を標準化する手段を提供する。