RNA22 とは

Rna22は、マイクロRNA標的部位および対応するヘテロ二重鎖の発見のためのパターンベースのアルゴリズムである。
このアルゴリズムは、実験的に検証されたヘテロ二本鎖を訓練に使用せず、代わりに公開データベースに見出される既知の成熟miRNAの配列にのみ依存する点で、マイクロRNA:mRNAヘテロ二本鎖を予測するための他の方法とは概念的に異なる。 rna22の重要なアイデアは、(パターン発見技術を用いて)成熟マイクロRNA配列において同定できる突然変異配列特徴の逆相補配列が、興味のある配列における候補マイクロRNA標的部位を同定することを可能にすべきであるということである:rna22はTeiresiasこのような顕著な特徴を発見するアルゴリズム。候補マイクロRNA標的部位が見つけられると、標的化マイクロRNAは、RNA:RNAヘテロ二本鎖を計算することができるいくつかのアルゴリズムの助けにより同定することができる。アルゴリズムの新しいバージョン(v2.0)が利用可能になりました:v2.0-betaは確率予測を各予測に追加し、ユーザは感度/特異度の設定をオンザフライで選択する能力を提供します。 http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive/からアクセスできます。
Rna22は、可能性の低い候補を除外するために、任意の異種生物の保全上の制約に依拠することも、課することもしない。これは、系統発生的に近位の生物において保存されないかもしれないマイクロRNA結合部位を発見する能力を与える。また、上記のように、rna22は、標的化マイクロRNAの同一性を知る必要なく、推定上のマイクロRNA結合部位を同定することができる。 rna22の注目すべき特性は、ヘテロ二本鎖のシード領域にバルジおよびG:Uウォブルを許容する推定標的中のマイクロRNAの種子の正確な逆相補体の存在を必要としないことである。最後に、このアルゴリズムは、高い信号対雑音比を達成することが示されている。
rna22の使用は、マウスNanog、Oct4およびSox2のコード領域における「非標準的」マイクロRNA標的の発見をもたらした。これらの標的の大部分は、対応するmRNAのコード領域に存在するにもかかわらず、これらの3つの転写因子のヒトオルソログにおいて保存されていない。さらに、これらの標的のほとんどは、ヘテロ二本鎖のシード領域にG:Uウォブル、1つ以上のバルジ、またはその両方を含む。領域をコードすることに加えて、rna22は3'UTRの非標準的な標的を発見するのに役立っている。
最近の研究では、Argonaute-miRNA:mRNA三元複合体の結晶構造の分子動力学シミュレーションを用いて、非標準miRNA標的の問題を調べた。この研究では、複数のG:Uウォブルとシード領域のミスマッチの組み合わせを含むいくつかの種類の修飾が許容され、三元複合体の安定性に影響を与えないわずかな構造的変動しかもたらさないことが判明した。この研究では、HITS-CLIP(CLIP-seq)データによって分子動力学シミュレーションの知見が裏付けられていることも示されました。これらの結果は、正真正銘のmiRNAターゲットがカノニカルシードモデルを超越して、rna22のような標的予測ツールを、新たに増強されたmiRNA標的のスペクトルを探索するための理想的な選択肢にすることを示唆している。