Tiling array とは

タイリングアレイは、マイクロアレイチップのサブタイプである。従来のマイクロアレイと同様に、それらは、標識されたDNAまたはRNA標的分子を固体表面に固定されたプローブにハイブリダイズさせることによって機能する。
タイリングアレイは、プローブの性質において伝統的なマイクロアレイとは異なる。ゲノム全体に分散され得る既知または予測された遺伝子の配列をプロービングする代わりに、隣接する領域に存在することが知られている配列について、タイリングアレイプローブを集中的にプローブする。これは、配列されているが、局所的な機能がほとんど知られていない領域の特徴付けに有用である。タイリングアレイは、トランスクリプトームマッピングならびにDNA /タンパク質相互作用(ChIPチップ、DamID)、DNAメチル化(MeDIPチップ)およびDNase(DNaseチップ)およびアレイCGHに対する感受性の部位を発見するのに役立つ。以前に同定されていない遺伝子および調節配列を検出することに加えて、転写産物の改善された定量化が可能である。特定のプローブは、アレイと呼ばれるアレイユニット内に何百万ものコピー(従来のアレイでは数個ではなく)が存在し、配列あたり10,000〜6,000,000以上の異なるフィーチャが存在します。可変マッピング分解能は、プローブ間の配列重複量、またはプローブ配列間の既知の塩基対の量、ならびにプローブ長を調節することによって得ることができる。シロイヌナズナなどのより小さなゲノムについては、全ゲノムを調べることができる。タイリングアレイは、ゲノムワイド関連研究において有用なツールである。