De novo protein structure prediction とは

計算上の生物学において、デノボタンパク質構造予測は、タンパク質三次構造がそのアミノ酸一次配列から予測されるアルゴリズムプロセスを指す。この問題自体は未だ解決されずに数十年にわたり有力な科学者を占めていた。サイエンスによると、この問題は、現代科学における上位125の顕著な問題の1つである。現在、最も成功した方法のいくつかは、構造全体にわたって1.5オングストローム以内の小さな単一ドメインタンパク質の折り畳みを予測する妥当な確率を有する。
新規の方法は膨大な計算資源を必要とする傾向があり、比較的小さなタンパク質に対してのみ実施されている。デノボタンパク質構造モデリングは、対象とするタンパク質に対する相同性の問題がないので、アミノ酸配列からタンパク質構造を予測することが非常に困難であるという事実により、テンプレートベースのモデリング(TBM)とは区別される。より大きいタンパク質のための新しいタンパク質構造の予測には、強力なスーパーコンピュータ(Blue GeneやMDGRAPE-3など)や分散コンピューティングプロジェクト(Folding @ home、Rosetta @ home、ヒトプロテオームフォールディングプロジェクト、または世界のための栄養価の高いライス)。計算上の障壁は膨大であるが、構造ゲノミクス(予測または実験方法による)のメディカルやドラッグデザインなどの潜在的な利点は、新規構造予測を積極的な研究分野にしている。