Gap penalty とは

ギャップペナルティは、2つ以上の配列のアライメントをスコアリングする方法です。配列を整列させるとき、配列にギャップを導入することで、整列アルゴリズムがギャップのない整列よりも多くの用語に一致することが可能になります。しかし、アラインメントのギャップを最小にすることは、有用なアライメントを作成する上で重要です。ギャップが多すぎるとアラインメントが無意味になる可能性があります。ギャップのペナルティは、ギャップの数および長さに基づいてアラインメントスコアを調整するために使用される。ギャップペナルティの5つの主なタイプは、一定、線形、アフィン、凸面、およびプロファイルベースです。