Macromolecular docking とは

高分子分子ドッキングは、2つ以上の相互作用する生物学的高分子によって形成された複合体の4次構造の計算モデルである。タンパク質 – タンパク質複合体は、このようなモデル化の最も一般的に試みられる標的であり、その後にタンパク質 – 核酸複合体が続く。
ドッキングの究極の目的は、生体内で起こるような関心のある巨大分子複合体の三次元構造の予測である。ドッキング自体は、もっともらしい候補構造のみを生成します。これらの候補は、自然界で最も発生する可能性の高い構造を特定するためのスコアリング関数などのメソッドを使用してランク付けする必要があります。
「ドッキング」という用語は1970年代後半に始まり、より限定された意味を持ちました。 「ドッキング」とは、インタラクタ間の分離を最適化することによって複雑な構造のモデルを改良するが、その相対的な向きを固定したままにすることを意味する。その後、モデリングにおける相互作用パートナーの相対的な向きは変化することが許されたが、各パートナーの内部形状は固定されていた。このタイプのモデリングは、「剛性ドッキング」と呼ばれることがあります。計算能力がさらに向上すると、複合体が形成されたときに起こり得る相互作用するパートナーの内部の幾何学的形状の変化をモデル化することが可能になった。このタイプのモデリングは、「フレキシブルドッキング」と呼ばれます。