Phosida とは

PHOsphorylation SIte DAtabase PHOSIDAは、質量分析技術に基づいて様々な種で同定された数千もの高い信頼性を持つインビボのホスホサイトを統合しています。各ホスホサイトについて、PHOSIDAは、例えば、キナーゼ阻害などの刺激または他の治療に一致するキナーゼモチーフ、予測された二次構造、保存パターン、およびその動的調節を列挙する。これには、ヒトおよび酵母のような真核生物から大腸菌およびラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)のような細菌までの様々な生物のリン酸化プロテオームが含まれる。古細菌生物のリン酸化プロテオーム、すなわちハロバクテリウム・サリナリウム(Halobacterium Salinarium)も入手可能である。代表的に系統樹をカバーする生物で同定されたリン酸化プロテオームの統合は、保存および進化的保存を含む世界的な視点からのリン酸化事象を調べることを可能にする。
さらに、PHOSIDAは、サポートベクトルマシンに基づいてホスホサイトを予測する。