HMMER とは

HMMERは、Sean Eddyによって書かれたシーケンス解析のためのフリーで一般的に使用されるソフトウェアパッケージです。その一般的な使用法は、相同なタンパク質またはヌクレオチド配列を同定し、配列アライメントを行うことである。それは、プロファイルHMMを単一の配列または配列のデータベースのいずれかと比較することによって相同性を検出する。ヌルモデルと比較してプロファイルHMMに対して有意に良好にスコア付けするシーケンスは、プロファイルHMMを構築するために使用されたシーケンスと相同であると考えられる。プロファイルHMMは、hmmbuildプログラムを使用して、HMMERパッケージ内の複数シーケンスアライメントから構築されます。 HMMERソフトウェアで使用されているプロファイルHMMの実装は、Kroghとその同僚の作業に基づいていました。 HMMERは、Linux、Windows、およびMac OSの異なるバージョンを含むすべての主要オペレーティングシステムに移植されたコンソールユーティリティです。
HMMERは、PfamやInterProなどのタンパク質ファミリーデータベースが基づいているコアユーティリティです。 UGENEなどの他のいくつかのバイオインフォマティクスツールもHMMERを使用しています。
HMMER3はまた、計算速度を向上させるためにベクトル命令を広範囲に使用する。この研究は、2つの配列を整列させるためのSmith-Watermanアルゴリズムの重要な加速を示す以前の公表に基づいている。