Jpred とは

Jpred v.4は、1998年以降異なるバージョンで存在していた二次構造予測の最も正確な方法の1つであるJNetアルゴリズムによる予測を提供するJPred Protein Secondary Structure Prediction Serverの最新バージョンです。
タンパク質の二次構造に加えて、JPredは溶媒の接近可能性およびコイルドコイル領域の予測も行う。 JPredサービスは月間134,000件のジョブを実行し、179カ国のユーザーに対して合計200万件以上の予測を実行しています。
JPred(v4)の現在のバージョンには、以下の改良とアップデートが組み込まれています。
 最新のUniRef90およびSCOPe / ASTRALバージョンのJnet(v2.3.1) – 二次構造予測の平均精度が82%を超えています。 Webサーバーを最新テクノロジ(Bootstrapフレームワーク、JavaScript)にアップグレードし、Webページを更新することで、レスポンシブな技術を実装することでデザインと使いやすさを向上させました。 RESTful APIと大量投稿と結果検索スクリプトが追加され、1日あたり20,000件を超えるピークスループットを実現しました。予測ジョブ監視ツールを追加しました。 Webサイト、およびオプションの電子メールサマリーレポートの両方で結果レポートをアップグレードしました。バッチ提出の改善、SVGのJalview結果ビジュアライゼーションサマリーによる結果サマリープレビューの追加、完全な複数シーケンスアライメントのレポートへの追加。ヘルプページの改善、ツールヒントの組み込み、および1ページのステップバイステップチュートリアルの追加。
JPred v3は、James CutとJonathan Barberによって開発され維持されている以前のバージョンのJPredから続いています(JPred参照を参照)。このリリースでは、新しい機能が追加され、多数のバグが修正されました。ハイライトは次のとおりです。
 新しい、フレンドリーなユーザーインターフェースJnet(v2)の再学習され最適化されたバージョン – 平均二次構造予測の精度が> 81%ジョブのバッチ提出入力シーケンス/アライメントのエラーチェックの改善電子メールによる予測(オプション)各サブミッションの独自のクエリ名JPredは、クエリへのPSI-BLASTヒットがない場合でも予測を行います。PS / PDF出力にはすべての予測が組み込まれています
JPred 2の静的なHTMLページはまだ参照可能です。
配列残基は、αヘリックス、ベータシートおよびコイルドコイルのような二次構造要素の1つに分類または割り当てられる。
Jnetは、その予測に2つのニューラルネットワークを使用します。第1のネットワークには、整列中の各アミノ酸に17残基の窓が加えられ、保存番号が与えられる。それは、9ノードの隠れた層を使用し、3つの出力ノードを有し、各2次構造要素に対して1つずつである。第2のネットワークには、19残基(第1のネットワークの結果)に保存番号を加えたウィンドウが供給される。 9つのノードを持つ隠れたレイヤーを持ち、3つの出力ノードを持ちます。