I-TASSER とは

I-TASSER(Iterative Threading ASSEmbly Refinement)は、アミノ酸配列からタンパク質分子の3次元構造モデルを予測するためのバイオインフォマティクス手法です。フォールド認識(またはスレッディング)と呼ばれる手法により、Protein Data Bankから構造テンプレートを検出します。全長構造モデルは、レプリカ交換モンテカルロシミュレーションを使用して、スレッディングテンプレートから構造フラグメントを再構築することによって構築される。 I-TASSERは、コミュニティ全体のCASP実験で最も成功したタンパク質構造予測法の1つです。
I-TASSERは、標的タンパク質の構造モデルをタンパク質機能データベース中の既知のタンパク質と構造的に一致させることによって、リガンド結合部位、遺伝子オントロジーおよび酵素操作に関するアノテーションを提供する構造ベースのタンパク質機能予測のために拡張されている。 Ann ArborのUniversity of Yang Zhang Labにオンラインサーバーがあり、ユーザはシーケンスを提出して構造と機能の予測を得ることができます。 I-TASSERのスタンドアロンパッケージは、I-TASSERのウェブサイトからダウンロードできます。