ペアワイズアルゴリズムは、動的プログラミングに由来するアルゴリズム技術です。ペアワイズアルゴリズムは、DNA鎖の3つの翻訳フレームに対してタンパク質プロファイル（1以上の整列した配列の残基スコア行列）を比較すること、フレームシフトを可能にすることを含むいくつかの用途を有する。他のProtein-DNAアライメントツールと比較してPairWiseの最も顕著な特徴は、PairWiseがアラインメント中にフレームシフトを可能にすることです。