Threading (protein sequence) とは

フォールド認識とも呼ばれるタンパク質の糸通しは、既知の構造のタンパク質と同じ折り畳みを有するが、既知の構造を有する同種タンパク質を有さないタンパク質をモデル化するために使用されるタンパク質モデリングの方法である。構造予測の相同性モデリング方法とは異なり、タンパク質データバンク(PDB)に同族のタンパク質構造を持たないタンパク質に対しては(タンパク質スレッディング)が使用され、ホモロジーモデリングはタンパク質に使用されます。スレッディングは、PDBに寄託された構造と、モデル化したいタンパク質の配列との間の関係の統計的知識を使用することによって作用する。
予測は、標的配列中の各アミノ酸を鋳型構造中の位置に「貫通(threading)」(すなわち配置、整列)させ、標的がどれくらい鋳型に適合するかを評価することによって行われる。最適なテンプレートが選択された後、シーケンスの構造モデルは、選択されたテンプレートとの位置合わせに基づいて構築されます。タンパク質の糸通しは、2つの基本的な観察に基づいています。性質の異なる折り畳みの数はかなり少なく(約1300)です。過去3年間にPDBに提出された新しい構造の90%は、PDBに既に存在するものと同様の構造的な折り畳みを有することが示されている。