BLOSUM とは

バイオインフォマティクスにおいて、BLOSUM(BLOKSs SUbstitution Matrix)マトリックスは、タンパク質の配列アラインメントに使用される置換マトリックスである。 BLOSUMマトリックスは、進化的に異なるタンパク質配列間のアラインメントをスコアするために使用される。それらはローカルアライメントに基づいています。 BLOSUMマトリックスは、Steven HenikoffとJorja Henikoffによって紙に最初に導入されました。彼らは、タンパク質ファミリーの非常に保存された領域(配列アラインメントにギャップを有さない)についてBLOCKSデータベースをスキャンし、次いでアミノ酸の相対頻度およびその置換確率を数えた。次に、20の標準アミノ酸の210の可能な置換対のそれぞれについてlog-oddsスコアを計算した。全てのBLOSUMマトリックスは、観察されたアライメントに基づく。それらは、PAMマトリックスのような密接に関連するタンパク質の比較から外挿されない。