CS-BLAST とは

CS-BLAST(Context-Specific BLAST)は、コンテキスト特異的突然変異確率を用いてBLAST(Basic Local Alignment Search Tool)(Basic Local Alignment Search Tool)を拡張するタンパク質配列を検索するツールです。より具体的には、CS-BLASTは、クエリー配列「4」上の短いウィンドウから、各クエリー配列に対する文脈特異的アミノ酸類似性を導出する。 CS-BLASTを使用すると、感度が2倍になり、BLASTと比較してスピードを落とさずにアライメント品質が大幅に向上します。 CSI-BLAST(Context-Specific Iterated)BLASTは、PSI-BLAST(Position-Specific Iterated)BLASTのコンテキスト特有のアナログであり、置換確率で突然変異プロファイルを計算し、それをクエリープロファイル「2」と混合します。 CSI-BLAST(Context-Specific Iterated BLAST)は、PSI-BLAST(Position-Specific Iterated)BLASTの文脈特異的アナログである。これらのプログラムはどちらもWebサーバーとして利用でき、無料でダウンロードできます。