RefDB (chemistry) とは

再参照されたタンパク質化学シフトデータベース(RefDB)は、BioMagResBank(BMRB)(図1)に由来する、慎重に補正または再参照された化学シフトのNMR分光データベースである。以前に割り当てられたタンパク質のX線またはNMR座標データから予想されるタンパク質(1)H、(13)Cおよび(15)N化学シフトを計算するために、構造ベースの化学シフト計算プログラム(SHIFTXと呼ばれる) BMRBで報告されている。比較はSHIFTCORというプログラムによって自動的に行われます。 RefDBデータベースは現在、2000を超える割り当てられたペプチドおよびタンパク質について、参照補正された化学シフトデータを提供している。データベースからのデータは、(13)Cタンパク質割り当てを有するBMRBエントリーの約25%および(15)Nタンパク質割り当てを有するBMRBエントリーの27%が、有意な化学シフト参照再調整を必要とすることを示す。さらに、BioMagResBankに寄託されたタンパク質エントリーのほぼ40%は、少なくとも1つの割り当てエラーを有するように見える。ユーザーは、RefDB Webサイトから入手可能ないくつかの方法でデータベースをダウンロード、検索、または閲覧することができます。 RefDBは、生体分子NMR分光法の標準的な化学シフトリソースを提供し、ペプチドおよびタンパク質の化学シフト傾向を導出または計算したいと考えています。