Root-mean-square deviation of atomic positions とは

バイオインフォマティクスでは、原子位置の二乗平均平方根偏差(または単に平方根二乗偏差RMSD)は、重ね合わされたタンパク質の原子間の平均距離(通常は骨格原子)の尺度です。 RMSD計算は、小さな有機分子などの他の非タンパク質分子にも適用できることに注意してください。球状タンパク質立体配座の研究では、慣習的に、最適剛体重畳後のCα原子座標のRMSDによる3次元構造における類似性を測定する。
動的システムが明確に定義された平均位置の周りで変動する場合、時間に対する平均からのRMSDは、RMSFまたは二乗平均平方根変動と呼ばれることがあります。この変動の大きさは、例えばメスバウアー分光法または核磁気共鳴を用いて測定することができ、重要な物理的情報を提供することができる。 Lindemannインデックスは、システムのパラメータのコンテキストでRMSFを配置する方法です。
生体分子または固体の構造を比較するために広く使用されている方法は、一方の構造を他方の構造に対して平行移動および回転させてRMSDを最小化することである。 Coutsias、et al。 2組のベクトル間のRMSDを最小にする最適なソリッドボディ変換(回転変換)のために、クォータニオンに基づく簡単な導出を示しました。彼らは、四元数法がよく知られているKabschアルゴリズムと同等であることを証明しました。 Kabschによって与えられた解は、HurleyとCattellによって導入されたd次元問題の解のインスタンスです。最適回転を計算するための四元数解はPetitjeanの論文の付録に掲載されました。この四元数解とd次元の場合の最適アイソメトリの計算は、ペティジャンの他の論文の付録Aの無限集合と連続事例の両方に拡張された。