統計的カップリング分析またはSCAは、タンパク質多重配列アライメント（MSA）におけるアミノ酸対間の共変動を測定するためのバイオインフォマティクスで使用される技術である。より具体的には、ある位置iでのアミノ酸分布が、別の位置jでのアミノ酸分布の摂動によってどのくらい変化するかを定量化する。得られた統計的カップリングエネルギーは、残基間の進化的依存の程度を示し、より高い結合エネルギーは依存性の増加に対応する。