Rooted graph とは

数学、特にグラフ理論では、根付グラフとは、1つの頂点を根として区別したグラフです。ルート付きグラフの有向バージョンと無向バージョンの両方が研究されており、複数のルートを可能にするバリアント定義もあります。
ルートグラフは、アプリケーションに応じて、尖っているグラフまたはフローグラフとしても知られている場合があります。これらのグラフのいくつかのアプリケーションでは、グラフ全体が根の頂点から到達可能であるという追加要件があります。

Molecular graph とは

ケミカルグラフ理論および数学化学では、分子グラフまたは化学グラフは、グラフ理論の観点から化合物の構造式を表すものです。化学グラフは、その頂点が化合物の原子に対応し、エッジが化学結合に対応するラベル付きグラフである。その頂点は対応する原子の種類でラベル付けされ、エッジは結合の種類でラベル付けされます。特定の目的のために、ラベルのいずれも無視してもよい。
水素欠乏分子グラフまたは水素抑制分子グラフは、水素頂点が削除された分子グラフです。
分子グラフは、構造異性体、同じ分子式を有するが、イソペンタンおよびネオペンタンなどの非同形グラフを有する化合物を区別することができる。他方、分子グラフは、通常、結合の三次元配列に関する情報を含まないので、幾何異性体(例えば、シスおよびトランス2-ブテン)または他の立体異性体(例えば、D- L-グリセルアルデヒド)。
いくつかの重要な場合(トポロジカルインデックスの計算など)には、以下の古典的な定義で十分である:分子グラフは、化学化合物の構造式に対応して1対1の無向グラフに接続され、グラフの頂点は分子の原子およびエッジこれらの原子間の化学結合に対応する。 1つの変形は、材料を無限ユークリッドグラフ、特に周期的グラフとしての結晶として表現することである。

Power graph analysis とは

計算生物学では、パワーグラフ解析は、複雑なネットワークの解析と表現のための方法です。電力グラフ分析は、グラフ(ネットワーク)からの電力グラフの計算、解析、および視覚的表現です。
パワーグラフ解析は、グラフの可逆圧縮アルゴリズムと考えることができます。それは、クリーク、バイクリフ、星の表現でグラフの構文を拡張します。複雑な生物学的ネットワークでは95%までの圧縮レベルが得られています。
ハイパーグラフは、エッジがノードのカップルではなく任意のnタプルであるグラフの一般化です。パワーグラフは、グラフのもう一つの一般化ではなく、 "ノードとエッジ"言語からクリーク、バイクリフと星をプリミティブとして使用する言語への移行を提案するグラフの新しい表現です。

Wait-for graph とは

コンピュータサイエンスの待ちグラフは、オペレーティングシステムやリレーショナルデータベースシステムのデッドロック検出に使用される有向グラフです。
コンピュータサイエンスでは、複数のプロセスの同時操作とリソースのロックを可能にし、デッドロックを回避または防止するメカニズムを提供しないシステムは、デッドロックを検出するメカニズムと、デッドロックから回復するためのアルゴリズムをサポートする必要があります。
そのようなデッドロック検出アルゴリズムの1つは、待機中のグラフを使用して、プロセスが現在ブロックしている他のプロセスを追跡します。待機中のグラフでは、プロセスはノードとして表され、プロセス P i {\displaystyle P_{i}} から P j {\displaystyle P_{j}} へのエッジは、 P j {\displaystyle P_{j}} P i {\displaystyle P_{i}} が必要とするリソースを保持していることを意味し P j {\displaystyle P_{j}} そのリソースに対するロックを解除します。プロセスが1つ以上のリソースが利用可能になるのを待っている場合(単純なケース)、複数のエッジは、異なるリソースの結合的(または)または分離的な(または)集合、またはコレクションからの一定数の同等のリソースを表すことができる。結び付きの場合、グラフサイクルはデッドロックの可能性を暗示しますが、論理和の場合、ノットはデッドロックの可能性を示します。最後のケースでデッドロックの可能性を検出するための単純なアルゴリズムはありません。 (Srinavasan、Rajaram 2011)
グラフの待機方式は、各リソースタイプの複数のインスタンスを持つリソース割り当てシステムには適用できません。

ClearVolume とは

ClearVolumeは、ハイエンドの容積型光シート顕微鏡用に設計されたオープンソースのリアルタイムライブ3Dビジュアライゼーションライブラリです。 ClearVolumeは顕微鏡データのライブビジュアライゼーションを可能にし、生物学者がサンプルが画像化に値するものかどうかをすぐに判断できるようにします。 ClearVolumeは、既存のJava、C / C ++、Python、またはLabVIEWベースの顕微鏡ソフトウェアに簡単に統合できます。 MicroManager / OpenSpim / OpenSpin制御ソフトウェア専用のインターフェースを備えています。 ClearVolumeは、マルチチャネル、遠隔顕微鏡からのライブ3Dデータストリーミングをサポートし、大容量を扱うことができるマルチパスフィボナッチレンダリングアルゴリズムを使用します。さらに、ClearVolumeはFiJi / ImageJ2 / KNIMEエコシステムに統合されています。

Mathematical chemistry とは

数学化学は、化学に対する数学の新しい応用に関わる研究分野です。主に化学現象の数学的モデリングに関わっている。数学化学はコンピュータ化学とも呼ばれますが、計算化学と混同すべきではありません。
数理化学の主な研究分野には、異性の数学的研究や定量的構造 – 特性関係に適用されるトポロジカルな記述子または指標の開発などのトポロジーを扱うケミカルグラフ理論、立体化学および量子化学における応用を見出すグループ理論の化学的側面を含む。
このアプローチの歴史は、19世紀にさかのぼることができる。 Georg Helmは1894年に「数理化学の原理:化学現象のエネルギー論」と題した論文を出版した。現代の最新の定期刊行物は、MATCH Communications in Mathematical and Computer Chemistry、1975年に初めて出版されたJournal of Mathematical Chemistryは1987年に初めて出版されました。1986年にドゥブロヴニクで開催されたMATH / CHEM / COMPの一連の年次会議がAnte Graovacの後任によって開始されました。
数学的化学の基本モデルは、分子グラフとトポロジカルインデックスです。
2005年には、ミラノ・ランディッチが国際クロアチアの数学化学アカデミー(IAMC)を設立しました。アカデミーには、ノーベル賞を受賞した6人の科学者を含め、世界中から82人のメンバー(2009年)がいます。

Sequence graph とは

比較ゲノミクスでは、アライメントグラフ、ブレークポイントグラフ、または隣接グラフとも呼ばれるシーケンスグラフは、頂点がDNAのセグメントを表し、エッジがゲノムのセグメント間の隣接関係を表す双方向グラフです。セグメントは、それらが表すDNAストリングによってラベル付けされ、各エッジは、あるセグメントの末尾を別のセグメントのヘッドエンドと接続する。各隣接縁は、(おそらく空の)DNAストリングによってラベル付けされる。セグメントと隣接エッジ(スレッドと呼ばれる)の接続されたコンポーネントをトラバースすると、通常はゲノムまたはゲノムのセクションを表すシーケンスが生成されます。セグメントは、特定のゲノムにこれらのブロックをどのように配置するかを決定するエッジと、シンテニーブロックに含まれない塩基を表す隣接エッジのラベル付けとを伴うシンテニーブロックと考えることができる。