CS-BLAST とは

CS-BLAST(Context-Specific BLAST)は、コンテキスト特異的突然変異確率を用いてBLAST(Basic Local Alignment Search Tool)(Basic Local Alignment Search Tool)を拡張するタンパク質配列を検索するツールです。より具体的には、CS-BLASTは、クエリー配列「4」上の短いウィンドウから、各クエリー配列に対する文脈特異的アミノ酸類似性を導出する。 CS-BLASTを使用すると、感度が2倍になり、BLASTと比較してスピードを落とさずにアライメント品質が大幅に向上します。 CSI-BLAST(Context-Specific Iterated)BLASTは、PSI-BLAST(Position-Specific Iterated)BLASTのコンテキスト特有のアナログであり、置換確率で突然変異プロファイルを計算し、それをクエリープロファイル「2」と混合します。 CSI-BLAST(Context-Specific Iterated BLAST)は、PSI-BLAST(Position-Specific Iterated)BLASTの文脈特異的アナログである。これらのプログラムはどちらもWebサーバーとして利用でき、無料でダウンロードできます。

Abalone (molecular mechanics) とは

アワビは、明白な(柔軟なSPC水モデル)または暗黙の水モデルにおける周期的境界条件における生体分子のシミュレーションのための汎用分子動力学および分子グラフィックスプログラムである。主に、AMBER力場におけるタンパク質フォールディングおよびDNA-リガンド複合体をシミュレートするように設計されている。

UGENE とは

UGENEはバイオインフォマティクスのためのコンピュータソフトウェアです。 Windows、macOS、Linuxなどのデスクトップコンピュータのオペレーティングシステムで動作します。 GNU一般公衆利用許諾(GPL)バージョン2に基づいて、フリーでオープンソースのソフトウェアとしてリリースされています。
UGENEは、生物学者が、配列、注釈、複数のアライメント、系統樹、NGSアセンブリなど、さまざまな生物遺伝学データを分析するのに役立ちます。データは、ローカル(パーソナルコンピュータ上)および共有ストレージ(例えば、ラボデータベース)の両方に格納することができる。
UGENEは、ゲノミクス、進化生物学、ウイルス学、およびその他の生命科学の分野において、数多くの有名な生物学的ツール、アルゴリズム、および元のツールを統合しています。 UGENEは、あらかじめ作成されたツール用のグラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)を提供するので、コンピュータプログラミングスキルのない生物学者は、これらのツールに簡単にアクセスできます。
UGENE Workflow Designerを使用することで、多段階分析を合理化することができます。ワークフローは、データリーダー、組み込みツールとアルゴリズムを実行するブロック、データライターなどのブロックで構成されています。ブロックは、コマンドラインツールまたはスクリプトを使用して作成できます。ワークフローデザイナで一連のサンプルワークフローを使用して、シーケンスに注釈を付けたり、データフォーマットを変換したり、NGSデータを分析したりすることができます。
UGENEにはグラフィカルインタフェースのほかにコマンドラインインタフェースもあります。それによってワークフローも実行される可能性があります。
パフォーマンスを向上させるため、UGENEはマルチコアプロセッサ(CPU)とグラフィックスプロセッシングユニット(GPU)を使用して、いくつかのアルゴリズムを最適化します。

Bioclipse とは

BioclipseプロジェクトはEclipseベースのリッチクライアントプラットフォーム(RCP)をベースにした化学/バイオインフォマティクスのためのJavaベースのオープンソースのビジュアルプラットフォームです。 2009年にはスクリプト機能が追加されました。
他のRCPアプリケーションと同様に、Bioclipseはヘルプシステム、ソフトウェアアップデート、プリファレンス、クロスプラットフォームデプロイメントなどEclipseからの基本的な機能とビジュアルインタフェースを継承するプラグインアーキテクチャを使用します。プラグインを介して、Bioclipseは化学およびバイオインフォマティクス追加機能を提供するために、他のプロプライエタリなプラグインによって容易に拡張できる拡張ポイント。
Bioclipseの最初の安定版には、化学情報のバックエンドを提供するChemistry Development Kit(CDK)プラグイン、分子の3D可視化のためのJmolプラグイン、シーケンス分析のためのBioJavaプラグインが含まれます。最近、StatETとOpenToxを使用したRプラットフォームが追加されました。
Bioclipseは、Proteochemometric Group、Uppsala University、Sweden、European Biinformatics InstituteのChristoph Steinbeck Group、およびライデン大学のAnalytical Chemistry Departmentの間の共同開発として開発されていますが、他の学術機関Karolinska Institutetとマーストリヒト大学を含む。この開発は、国際生物兵器協会(International Bioclipse Association)によってバックアップされています。

Mothur とは

mothurは、バイオインフォマティクスデータ処理用のオープンソースソフトウェアパッケージです。このパッケージは、未培養微生物由来のDNAの分析にしばしば使用される。 mothurは、454パイロシーケンシング、Illumina HiSeq、MiSeq、Sanger、PacBio、IonTorrentなど、いくつかのDNAシーケンシングメソッドから生成されたデータを処理することができます。 mothurの最初のリリースは2009年に発生しました。mothurのリリースは、Applied and Environmental Microbiology誌の刊行物で発表されました。 2015年9月12日現在、他の研究で3,992件が引用されています。

HH-suite とは

HHスイートは、高感度のタンパク質配列検索のためのオープンソースのソフトウェアパッケージです。これには、タンパク質配列データベース内の類似のタンパク質配列を検索できるプログラムが含まれています。配列検索は、未知のタンパク質の機能が類似の配列を有するタンパク質の機能から推測される現代生物学における標準的なツールである。

I-TASSER とは

I-TASSER(Iterative Threading ASSEmbly Refinement)は、アミノ酸配列からタンパク質分子の3次元構造モデルを予測するためのバイオインフォマティクス手法です。フォールド認識(またはスレッディング)と呼ばれる手法により、Protein Data Bankから構造テンプレートを検出します。全長構造モデルは、レプリカ交換モンテカルロシミュレーションを使用して、スレッディングテンプレートから構造フラグメントを再構築することによって構築される。 I-TASSERは、コミュニティ全体のCASP実験で最も成功したタンパク質構造予測法の1つです。
I-TASSERは、標的タンパク質の構造モデルをタンパク質機能データベース中の既知のタンパク質と構造的に一致させることによって、リガンド結合部位、遺伝子オントロジーおよび酵素操作に関するアノテーションを提供する構造ベースのタンパク質機能予測のために拡張されている。 Ann ArborのUniversity of Yang Zhang Labにオンラインサーバーがあり、ユーザはシーケンスを提出して構造と機能の予測を得ることができます。 I-TASSERのスタンドアロンパッケージは、I-TASSERのウェブサイトからダウンロードできます。