BioCreative とは

BioCreAtIvE(分子生物学におけるテキストマイニング法の批判的評価)は、生物学的領域における情報抽出およびテキストマイニングの進展を評価するためのコミュニティ全体の努力にある。
エンティティ抽出タスク、遺伝子名正規化タスク、および遺伝子産物タスクの機能アノテーションの3つの主なタスクが、最初のBioCreAtIvE課題で提起されました。このコンテストで作成されたデータセットは、Bio-NERツールおよび注釈抽出ツールを評価およびトレーニングするためのGold Standardトレーニングおよびテストセットとして機能します。
2回目のBioCreAtIvEには、MITERのLynette HirschmanとAlex Morganが主催する3つのタスクが含まれていました。スペインのCNIOのAlfonso ValenciaとMartin Krallinger、 W.ジョン・ウィルバー、ロリー・タナベ、ラリー・スミス(NIH)。
BioCreative Vには5つの異なるトラックがあります:http://www.biocreative.org/events/biocreative-v/CFP/

Journal of Computational Biology とは

Journal of Computational Biologyは、コンピュータ生物学とバイオインフォマティクスをカバーする、毎月ピアレビューされた科学雑誌です。 1994年に設立され、Mary Ann Liebert、Inc.によって出版されました。編集長はSorin Istrail(ブラウン大学)とMichael S. Waterman(南カリフォルニア大学)です。 Journal Citation Reportsによると、このジャーナルは2012年のインパクトファクターが1.564です。
1997年以来、Computational Molecular Biology(RECOMB)会議の研究で受け入れられた議論論文の著者は、ジャーナルの特別号に改訂版を提出するよう求められた。

Track hub とは

トラックハブは、遺伝子発現やエピジェネティックデータなどのゲノムデータの構造化されたディレクトリであり、ゲノムブラウザを用いてウェブ上で見ることができる。トラックハブは、トラックハブ規格によって定義されます。もともとはUCSCゲノムブラウザの一部として開発され、EnsemblとBioDallianceによってサポートされています。
トラックハブは、大規模なデータセットを視覚化するための有用で効率的なツールです。トランスクリプトミックス研究によって作成されたウィグルプロットのコレクションは、いわゆるコンポジットおよびスーパートラックに階層的に編成することができます。

Bioinformatics Open Source Conference とは

バイオインフォマティクスオープンソース会議(BOSC)は、オープンバイオインフォマティクス財団が主催するバイオインフォマティクスのオープンソースプログラミングに関する学術会議です。この会議は2000年以来毎年開催されており、ISMB(Intelligent Systems for Molecular Biology)会議に先立つ2日間の衛星会議として運営されています。

Yass (software) とは

YASSは、ヌクレオチド配列に対するフリーソフトウェアのペアワイズ配列アライメントソフトウェアであり、DNA配列またはRNA配列間の類似性を検索することができます。 YASSは、プレーンテキストまたはFASTAフォーマットのいずれかでヌクレオチド配列を受け取り、出力フォーマットはBLAST表出力を含む。 YASSは、いくつかの遷移が制限された間隔を置いて配置されたシードk-merを使用しており、感度が大幅に改善されています。 YASSは、ユーザーのマシン上でローカルに、またはブラウザベースのドットプロットを生成するYASS Webサーバー上のSaaSとして使用できます。

3D-Jury とは

3D-Juryは、さまざまなタンパク質構造予測サーバーのモデルを集約して比較するメタサーバーです。これは、一連のサーバーによって行われた予測のグループを取り込み、構造的な類似性に基づいて各ペアに3D-Juryスコアを割り当てます。スコアは、重ね合わされた後に互いに3.5Å以内の2つの予測におけるCα原子の数を数えることによって生成される。最終モデルの精度を向上させるために、ユーザーは結果を集計する予測サーバーを選択できます。
Robetta自動タンパク質構造予測サーバは、その予測パイプラインに3D-Juryを組み込んでいます。

ABCD Schema とは

生物学的コレクションデータへのアクセス(ABCD)スキーマは、タキソン発生データ(生物の標本、観察など)の主要な生物多様性データに対する高度に構造化されたデータ交換およびアクセスモデルである。
2006年には、ABCDEFGスキーマを形成するために「拡張のための地質科学」を含むようにスキーマが拡張され、2010年にTDWGはDNAの標準拡張ドラフトを公開した。 ABCDDNA。

Digital phenotyping とは

デジタル表現型解析は、特にパーソナルデジタルデバイス、特にスマートフォンからのデータを使用して、その場での人間の表現型の現時点での定量化として定義される、科学の多分野です。データは、アクティブデータとパッシブデータと呼ばれる2つのサブグループに分けることができます。ここで、前者は、ユーザからのアクティブな入力を必要とするデータを指し、センサデータや電話の使用パターンなどのパッシブデータは、ユーザーからの積極的な参加。この用語は、Sachin H.JainおよびJohn BrownsteinによるNature Biotechnologyの論文に最初に導入されました。
スマートフォンは、その普及率と普及率、ユーザーがデバイスに関与する範囲、およびそれらから収集されるデータの豊富さを考慮すると、デジタル表現型に適しています。スマートフォンのデータは、行動パターン、社会的相互作用、身体的移動性、総運動活動、およびスピーチ生産などを研究するために使用できます。スマートフォンの所有者は、ここ数年で世界的に着実に増加しています。たとえば、米国では、スマートフォンの所有者が2011年の35%から2015年には64%に増加し、2017年にはアメリカ人の95%が携帯電話を所有し、77%がスマートフォンを所有していました。
スマートフォンデバイスからの受動的データ収集の使用は、精神医学的および他の病気の表現型に関する細かい情報を提供することができる。関連するパッシブデータのタイプには、空間的位置を監視するGPSデータ、動きおよび総運動活動を記録する加速度計データ、および他人との社会的関与を文書化するコールおよびメッセージログが含まれる。