Statistical coupling analysis とは

統計的カップリング分析またはSCAは、タンパク質多重配列アライメント(MSA)におけるアミノ酸対間の共変動を測定するためのバイオインフォマティクスで使用される技術である。より具体的には、ある位置iでのアミノ酸分布が、別の位置jでのアミノ酸分布の摂動によってどのくらい変化するかを定量化する。得られた統計的カップリングエネルギーは、残基間の進化的依存の程度を示し、より高い結合エネルギーは依存性の増加に対応する。

Modelling biological systems とは

生物システムのモデリングは、システム生物学と数学生物学の重要な課題です。計算システム生物学は、生物システムのコンピュータモデリングの目標を達成するために、効率的なアルゴリズム、データ構造、視覚化およびコミュニケーションツールを開発し、使用することを目指しています。それは、これらの細胞プロセスの複雑な接続を分析し視覚化するために、細胞サブシステム(代謝物、代謝、シグナル伝達経路および遺伝子調節ネットワークを含む代謝産物および酵素のネットワークなど)を含む生物学的システムのコンピュータシミュレーションの使用を含む。
人工生命または仮想進化は、単純な(人工的な)生命体のコンピュータシミュレーションを介して進化過程を理解しようとする。
複雑なシステムの予期せぬ緊急性は、より単純で統合された部分(生物学的組織を参照)の中で原因と結果の相互作用の結果である可能性がある。生物学的システムは、構成要素の複雑な相互作用における緊急特性の多くの重要な例を明らかにする。生物学的システムの従来の研究では、一定量の刺激に応答して経時的な濃度などのデータ量をカテゴリ別に収集する還元的方法が必要です。コンピュータは、これらのデータの分析とモデリングにとって非常に重要です。その目的は、シグナリング経路の弱点を発見するための癌細胞のモデル、または心筋細胞への影響を見るためのイオンチャネル変異のモデル化など、環境および内部刺激に対するシステム応答の正確なリアルタイムモデルを作成することである。次に、鼓動する心臓の機能。

Root-mean-square deviation of atomic positions とは

バイオインフォマティクスでは、原子位置の二乗平均平方根偏差(または単に平方根二乗偏差RMSD)は、重ね合わされたタンパク質の原子間の平均距離(通常は骨格原子)の尺度です。 RMSD計算は、小さな有機分子などの他の非タンパク質分子にも適用できることに注意してください。球状タンパク質立体配座の研究では、慣習的に、最適剛体重畳後のCα原子座標のRMSDによる3次元構造における類似性を測定する。
動的システムが明確に定義された平均位置の周りで変動する場合、時間に対する平均からのRMSDは、RMSFまたは二乗平均平方根変動と呼ばれることがあります。この変動の大きさは、例えばメスバウアー分光法または核磁気共鳴を用いて測定することができ、重要な物理的情報を提供することができる。 Lindemannインデックスは、システムのパラメータのコンテキストでRMSFを配置する方法です。
生体分子または固体の構造を比較するために広く使用されている方法は、一方の構造を他方の構造に対して平行移動および回転させてRMSDを最小化することである。 Coutsias、et al。 2組のベクトル間のRMSDを最小にする最適なソリッドボディ変換(回転変換)のために、クォータニオンに基づく簡単な導出を示しました。彼らは、四元数法がよく知られているKabschアルゴリズムと同等であることを証明しました。 Kabschによって与えられた解は、HurleyとCattellによって導入されたd次元問題の解のインスタンスです。最適回転を計算するための四元数解はPetitjeanの論文の付録に掲載されました。この四元数解とd次元の場合の最適アイソメトリの計算は、ペティジャンの他の論文の付録Aの無限集合と連続事例の両方に拡張された。

Intelligent Systems for Molecular Biology とは

Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB)は、国際生物情報学会(ISCB)が主催するバイオインフォマティクスと計算生物学の分野に関する年次学術会議です。この会議の主な焦点は、生物学的問題の高度な計算方法の開発と応用である。この会議は1993年以来毎年開催されており、2004年に2,000人以上の代表者を迎え、この分野で最大かつ最も有名な会議の一つに成長しました。第1回会議から、ISMBは世界中の場所で開催されました。 2007年以来、会議は交互に年にヨーロッパと北米に位置しています。 2004年以来、欧州会議は、欧州生物情報学会議(ECCB)と共同で開催されています。
主なISMBカンファレンスは、通常3日間にわたって開催され、プレゼンテーション、ポスターセッション、基調講演で構成されています。ほとんどのプレゼンテーションは、複数のパラレルトラックで与えられます。しかし、基調講演は単一のトラックで行われ、バイオインフォマティクスの優れた研究を反映するように選ばれています。注目すべきISMB基調講演者には、8人のノーベル賞受賞者が含まれています。上級科学者賞によるISCBオーバートーン賞およびISCB達成の受賞者は、プログラムの一環として基調講演を行うよう招待されます。会議の議事は現在、Journal of Bioinformatics誌に掲載されています。

Biclustering とは

バイクラスタリング、ブロッククラスタリング、コクラスタリング、または2モードクラスタリングは、マトリックスの行と列の同時クラスタリングを可能にするデータマイニング技術です。この用語はBoris Mirkinによって、1972年にJ. A. Hartiganによって何年も前に紹介された技術の名称に最初に導入されました。
n {\displaystyle n} 次元フィーチャベクトルによって表される1組のサンプル m {\displaystyle m} が与えられると、データセット全体は n {\displaystyle n} 列(すなわち m × n {\displaystyle m\times n} 行列)の m {\displaystyle m} 行として表すことができる。 biclusteringアルゴリズムはbiclustersを生成します。biclustersは、列のサブセットで同様の動作を示す行のサブセットです。

BioCreative とは

BioCreAtIvE(分子生物学におけるテキストマイニング法の批判的評価)は、生物学的領域における情報抽出およびテキストマイニングの進展を評価するためのコミュニティ全体の努力にある。
エンティティ抽出タスク、遺伝子名正規化タスク、および遺伝子産物タスクの機能アノテーションの3つの主なタスクが、最初のBioCreAtIvE課題で提起されました。このコンテストで作成されたデータセットは、Bio-NERツールおよび注釈抽出ツールを評価およびトレーニングするためのGold Standardトレーニングおよびテストセットとして機能します。
2回目のBioCreAtIvEには、MITERのLynette HirschmanとAlex Morganが主催する3つのタスクが含まれていました。スペインのCNIOのAlfonso ValenciaとMartin Krallinger、 W.ジョン・ウィルバー、ロリー・タナベ、ラリー・スミス(NIH)。
BioCreative Vには5つの異なるトラックがあります:http://www.biocreative.org/events/biocreative-v/CFP/

Minimum information required in the annotation of models とは

MIRIAM(モデルの注釈に必要な最小限の情報)は、生物システムの定量モデルのアノテーションとキュレーションプロセスを標準化するコミュニティレベルの取り組みです。これは、構造化されたフォーマットでの使用に適した一連のガイドラインで構成され、異なるグループが共同して結果のモデルを共有できるようにします。これらのガイドラインを遵守することで、モデリング活動に基づいて構築されたソフトウェアおよびサービスインフラストラクチャの共有も容易になります。
「必須メタデータ」を含む「一連の良いプラクティス」の考え方は、システム生物学におけるモデルの共通データベースを開発するための議論の一環として、2004年10月にNicolas LeNovèreによって最初に提案された(BioModels Database )。これらの初期のアイデアは、ICSB 2004のハイデルベルクでの会議で、他の多くの興味を持った団体の代表者とともにさらに洗練されました。
MIRIAMはMIBBIの登録プロジェクトです(生物学的および生物医学的調査のための最小限の情報)。

Swiss-model とは

SWISS-MODELはタンパク質立体構造の相同性モデリングに特化した構造バイオインフォマティクスウェブサーバです。相同性モデリングは、現在、信頼できる三次元タンパク質構造モデルを生成する最も正確な方法であり、多くの実用的な用途において日常的に使用されている。ホモロジー(または比較)モデリング方法は、進化関連タンパク質(「標的」)のモデルを構築するために、実験的タンパク質構造(「鋳型」)を利用する。
現在、SWISS-MODELは、3つの緊密に統合されたコンポーネントで構成されています。(1)SWISS-MODELパイプライン – 自動化されたタンパク質構造モデリングのためのソフトウェアツールとデータベーススイート、(2)SWISS-MODELワークスペース – Webベースのグラフィカルユーザーワークベンチ、(3)SWISS-MODELリポジトリ – 高生物医学的関心のあるモデル生物体プロテオームのための相同性モデルの連続的に更新されたデータベース。

UniFrac とは

UniFracは、生物学的コミュニティを比較するために使用される距離メトリックです。それは、観測された生物の間の系統学的距離を計算に組み込むことによって、コミュニティメンバーの相対的関連性に関する情報を組み込む点で、ブレイ – カーティスの非類似性のような非類似性測定とは異なる。 UniFracの加重(量的)および非加重(定性的)変異体の両方が、観察された生物の豊富さを説明する微生物生態学において広く使用されているが、後者はそれらの存在または不在のみを考慮する。この方法は、2005年にボルダーのコロラド大学のRob Knightの下で働いていたときにCatherine Lozuponeによって考案されました。

Phylogenetic profiling とは

系統発生プロファイリングは、同じ生物学的経路における2つの異なるタンパク質の関与など、有意な生物学的関連を推測するために、多数の種にわたる2つの形質の共同存在または非存在を使用するバイオインフォマティクス技術である。保存されたシンテニー、保存されたオペロン構造、または「ロゼッタストーン」ドメイン融合体の試験と並行して、系統発生プロファイルを比較することは、どのタンパク質が相同性であるかを決定した後、それは。これらの技術の多くはDavid Eisenbergらによって開発されました。系統発生プロファイルの比較は、Pellegriniらによって1999年に導入された。