Herman Skolnik Award とは

Herman Skolnik賞は、米国化学会の化学情報部門が「化学情報科学の理論と実践における卓越した貢献と成果を認めている」と毎年授与されています。 2011年現在、賞は3,000 USドルです。
1948年のACS部門の共同創設者であり、この部門の重要人物であったHerman Skolnik(1914-1994)の名前です。彼に最初の賞が贈られました。

European Chemicals Bureau とは

欧州化学物質局(ECB)は、欧州連合(EU)内の危険化学物質に関するデータおよび評価手順の中心でした。 ECBは欧州委員会の共同研究センター(JRC)の保健消費者保護研究所(IHCP)の責任の下、イタリアのイスプラに位置していた。 2008年にECBはその任務を完了した。その活動の一部は欧州化学物質庁(ECHA)によって引き継がれた。ジョイントリサーチセンターの保健消費者保護研究所(IHCP)に残った人もいました。 JRC-IHCPがまだ管理している旧ECBの課題には、殺虫剤のリスクアセスメントに関するレビュープログラム、将来のための方法論の開発、化学物質の優先順位付けおよびそれに対応する環境品質基準(EQS)試験方法の調和、および「非試験方法」(例えば、QSAR)が含まれる。

Molecular graph とは

ケミカルグラフ理論および数学化学では、分子グラフまたは化学グラフは、グラフ理論の観点から化合物の構造式を表すものです。化学グラフは、その頂点が化合物の原子に対応し、エッジが化学結合に対応するラベル付きグラフである。その頂点は対応する原子の種類でラベル付けされ、エッジは結合の種類でラベル付けされます。特定の目的のために、ラベルのいずれも無視してもよい。
水素欠乏分子グラフまたは水素抑制分子グラフは、水素頂点が削除された分子グラフです。
分子グラフは、構造異性体、同じ分子式を有するが、イソペンタンおよびネオペンタンなどの非同形グラフを有する化合物を区別することができる。他方、分子グラフは、通常、結合の三次元配列に関する情報を含まないので、幾何異性体(例えば、シスおよびトランス2-ブテン)または他の立体異性体(例えば、D- L-グリセルアルデヒド)。
いくつかの重要な場合(トポロジカルインデックスの計算など)には、以下の古典的な定義で十分である:分子グラフは、化学化合物の構造式に対応して1対1の無向グラフに接続され、グラフの頂点は分子の原子およびエッジこれらの原子間の化学結合に対応する。 1つの変形は、材料を無限ユークリッドグラフ、特に周期的グラフとしての結晶として表現することである。

Chemical space とは

ケミカルスペースとは、化学構造の概念であり、与えられた一連の建設原則や境界条件に付随する全ての可能な分子や化合物にまたがる特性空間を指しています。それは容易に入手可能で研究者が利用できる何百万もの化合物を含んでいます。分子ドッキング法に用いられるライブラリです。

Smiles arbitrary target specification とは

SMiles任意のターゲット仕様(SMARTS)は、分子の下位パターンを指定するための言語です。 SMARTSライン表記は表現力豊かで、非常に正確で透明な部分構造仕様とアトムタイピングが可能です。
SMARTSは、分子構造をコード化するために使用されるSMILESライン表記法に関連しており、SMILESはもともとDaylight Chemical Information SystemsのDavid Weiningerおよびその同僚によって開発されたものです。 SMARTS言語の最も包括的な説明は、DaylightのSMARTS理論マニュアル、チュートリアル、および例題にあります。 OpenEye Scientific Softwareは独自のバージョンのSMARTSを開発しました。これは元のDaylightバージョンとは異なり、R記述子(以下の循環性を参照)がどのように定義されていますか。標準は、2016年に命名された新しい要素に対応するために更新が必要な場合があります。

Bioclipse とは

BioclipseプロジェクトはEclipseベースのリッチクライアントプラットフォーム(RCP)をベースにした化学/バイオインフォマティクスのためのJavaベースのオープンソースのビジュアルプラットフォームです。 2009年にはスクリプト機能が追加されました。
他のRCPアプリケーションと同様に、Bioclipseはヘルプシステム、ソフトウェアアップデート、プリファレンス、クロスプラットフォームデプロイメントなどEclipseからの基本的な機能とビジュアルインタフェースを継承するプラグインアーキテクチャを使用します。プラグインを介して、Bioclipseは化学およびバイオインフォマティクス追加機能を提供するために、他のプロプライエタリなプラグインによって容易に拡張できる拡張ポイント。
Bioclipseの最初の安定版には、化学情報のバックエンドを提供するChemistry Development Kit(CDK)プラグイン、分子の3D可視化のためのJmolプラグイン、シーケンス分析のためのBioJavaプラグインが含まれます。最近、StatETとOpenToxを使用したRプラットフォームが追加されました。
Bioclipseは、Proteochemometric Group、Uppsala University、Sweden、European Biinformatics InstituteのChristoph Steinbeck Group、およびライデン大学のAnalytical Chemistry Departmentの間の共同開発として開発されていますが、他の学術機関Karolinska Institutetとマーストリヒト大学を含む。この開発は、国際生物兵器協会(International Bioclipse Association)によってバックアップされています。

Chemical library とは

化学ライブラリーまたは化合物ライブラリーは、ハイスループットスクリーニングまたは工業的製造において最終的に使用される保存化学物質の集合体である。化学ライブラリは、一連の保存された化学物質の単純な用語で構成することができます。各化学物質は、化合物の化学構造、純度、量、および物理化学的特性などの情報とともに、ある種のデータベースに格納された関連情報を有する。

Padmakar–Ivan index とは

ケミカルグラフ理論では、Padmakar-Ivan(PI)指数は、生化学で使用される分子のトポロジカル指標です。 Padmakar-Ivan指数は、Padmakar V. KhadikarとIvan GutmanがHarry Wienerによって導入されたウィーナー指数の概念を導入した一般化です。グラフGのPadmakar-Ivan指数は、uとvから等距離にない辺数のGの全エッジuvの合計です.Gをグラフとし、e = uvをGのエッジとします。ここで n e u ( e G ) {\displaystyle n_{eu}(e\mid G)} n e v ( e G ) {\displaystyle n_{ev}(e\mid G)} は、頂点uよりも頂点vに近い辺の数である。グラフGのPadmakar-Ivan指数は、
PI ( G ) = e E ( G ) [ n e u ( e G ) + n e v ( e G ) ] {\displaystyle \operatorname {PI} (G)=\sum _{e\in E(G)}[n_{eu}(e\mid G)+n_{ev}(e\mid G)]}
PIインデックスは、化学、生物科学、工学、ナノテクノロジーで使用される分類モデルの定量的構造 – 活性関係の研究において非常に重要です。

Maximum common induced subgraph とは

グラフ理論と理論計算科学では、2つのグラフGとHの最大共通誘導部分グラフは、GとHの誘導部分グラフであり、可能な限り多くの頂点を持つグラフです。
このグラフを見つけることはNP困難です。関連する決定問題では、入力は2つのグラフGおよびHと数kである。問題は、GとHが少なくともk個の頂点を有する共通誘導部分グラフを有するかどうかを決定することである。この問題はNP完全です。これは、kがGとHのうちの小さい方の頂点の数に等しいときに生じる、誘導された部分グラフ同型写像問題の一般化です。このグラフ全体は、他のグラフの誘導部分グラフとして現れなければなりません。
最大独立集合問題に対する近似結果の硬さに基づいて、最大共通誘導サブグラフ問題も近似することは困難である。これは、P = NPでなければ、 n {\displaystyle n} – 頂点グラフ上の多項式時間で、任意の ϵ > 0 {\displaystyle \epsilon >0} に対して、最適の因数 n 1 ϵ {\displaystyle n^{1-\epsilon }} 内の解を常に見つける近似アルゴリズムは存在しないことを意味する。
この問題の1つの可能な解は、GとHのモジュラ積グラフを作成することです。このグラフでは、最大クリークはGとHの最大共通誘導部分グラフに対応しています。最大共通誘導サブグラフ。
最大共通誘導サブグラフアルゴリズムは、ケミンフォーマットおよびファルマコフォアマッピングにおいて長い伝統を有する。

CSA Trust とは

ケミカル・ストラクチャ・アソシエーション・トラスト(CSA Trust)は、化学構造、反応および化合物に関する情報の保存、処理および検索の分野における教育、研究および開発を促進する、国際的に認知され登録された慈善団体です。 2003年以来、これまでの化学構造協会の活動を取り入れています。
トラストは、年に3回、ニュースレターを作成し、他の組織と協力して会議や研修を開催しています。また、化学情報学に関する助言や議論の場を提供しています。理事会が信託を管理しています。
この信託は、いくつかの会議(3年毎に開催される化学構造に関する国際会議および化学情報に関するシェフィールド会議を含む)を共同で開催しています。これは学術協会に指定されており、さまざまな出版物で強調されています。