Modelling biological systems とは

生物システムのモデリングは、システム生物学と数学生物学の重要な課題です。計算システム生物学は、生物システムのコンピュータモデリングの目標を達成するために、効率的なアルゴリズム、データ構造、視覚化およびコミュニケーションツールを開発し、使用することを目指しています。それは、これらの細胞プロセスの複雑な接続を分析し視覚化するために、細胞サブシステム(代謝物、代謝、シグナル伝達経路および遺伝子調節ネットワークを含む代謝産物および酵素のネットワークなど)を含む生物学的システムのコンピュータシミュレーションの使用を含む。
人工生命または仮想進化は、単純な(人工的な)生命体のコンピュータシミュレーションを介して進化過程を理解しようとする。
複雑なシステムの予期せぬ緊急性は、より単純で統合された部分(生物学的組織を参照)の中で原因と結果の相互作用の結果である可能性がある。生物学的システムは、構成要素の複雑な相互作用における緊急特性の多くの重要な例を明らかにする。生物学的システムの従来の研究では、一定量の刺激に応答して経時的な濃度などのデータ量をカテゴリ別に収集する還元的方法が必要です。コンピュータは、これらのデータの分析とモデリングにとって非常に重要です。その目的は、シグナリング経路の弱点を発見するための癌細胞のモデル、または心筋細胞への影響を見るためのイオンチャネル変異のモデル化など、環境および内部刺激に対するシステム応答の正確なリアルタイムモデルを作成することである。次に、鼓動する心臓の機能。

Intelligent Systems for Molecular Biology とは

Intelligent Systems for Molecular Biology(ISMB)は、国際生物情報学会(ISCB)が主催するバイオインフォマティクスと計算生物学の分野に関する年次学術会議です。この会議の主な焦点は、生物学的問題の高度な計算方法の開発と応用である。この会議は1993年以来毎年開催されており、2004年に2,000人以上の代表者を迎え、この分野で最大かつ最も有名な会議の一つに成長しました。第1回会議から、ISMBは世界中の場所で開催されました。 2007年以来、会議は交互に年にヨーロッパと北米に位置しています。 2004年以来、欧州会議は、欧州生物情報学会議(ECCB)と共同で開催されています。
主なISMBカンファレンスは、通常3日間にわたって開催され、プレゼンテーション、ポスターセッション、基調講演で構成されています。ほとんどのプレゼンテーションは、複数のパラレルトラックで与えられます。しかし、基調講演は単一のトラックで行われ、バイオインフォマティクスの優れた研究を反映するように選ばれています。注目すべきISMB基調講演者には、8人のノーベル賞受賞者が含まれています。上級科学者賞によるISCBオーバートーン賞およびISCB達成の受賞者は、プログラムの一環として基調講演を行うよう招待されます。会議の議事は現在、Journal of Bioinformatics誌に掲載されています。

Parareal とは

Pararealは数値解析の並列アルゴリズムであり、初期値問題の解決に使用されます。 2001年にライオンズ、マデイ、トリニチーによって導入されました。それ以来、これは最も広く研究されているパラレル・イン・タイム統合方法の1つになっています。

Scientific Computing and Imaging Institute とは

Scientific Computing and Imaging(SCI)Instituteは、ユタ大学の恒久的な研究機関であり、生物医工学の主なアプリケーションを備えた新しい科学的コンピューティングと視覚化技術、ツール、システムの開発に重点を置いています。 SCI Instituteは、教員、卒業生、スタッフによる寄稿について、視覚化コミュニティで世界的に注目されています。教員は主に計算学部、生物工学科、数学学科、電気・コンピュータ工学科、医学部および建築学院の補助教員と連携しています。

CS-BLAST とは

CS-BLAST(Context-Specific BLAST)は、コンテキスト特異的突然変異確率を用いてBLAST(Basic Local Alignment Search Tool)(Basic Local Alignment Search Tool)を拡張するタンパク質配列を検索するツールです。より具体的には、CS-BLASTは、クエリー配列「4」上の短いウィンドウから、各クエリー配列に対する文脈特異的アミノ酸類似性を導出する。 CS-BLASTを使用すると、感度が2倍になり、BLASTと比較してスピードを落とさずにアライメント品質が大幅に向上します。 CSI-BLAST(Context-Specific Iterated)BLASTは、PSI-BLAST(Position-Specific Iterated)BLASTのコンテキスト特有のアナログであり、置換確率で突然変異プロファイルを計算し、それをクエリープロファイル「2」と混合します。 CSI-BLAST(Context-Specific Iterated BLAST)は、PSI-BLAST(Position-Specific Iterated)BLASTの文脈特異的アナログである。これらのプログラムはどちらもWebサーバーとして利用でき、無料でダウンロードできます。

Autowave reverberator とは

自動波現象の理論では、自動波残響子は、2次元の活性媒体における自動波渦である。
残響音は、飛行機の自動波の前で破裂した結果です。このような破裂は、例えば、前面が非興奮性の障害物と衝突することによって起こり得る。この場合、状況に応じて、障害の周りを回転する螺旋波、または先端が自由に回転する自動波残響器の2つの現象のいずれかが起こり得る。

UGENE とは

UGENEはバイオインフォマティクスのためのコンピュータソフトウェアです。 Windows、macOS、Linuxなどのデスクトップコンピュータのオペレーティングシステムで動作します。 GNU一般公衆利用許諾(GPL)バージョン2に基づいて、フリーでオープンソースのソフトウェアとしてリリースされています。
UGENEは、生物学者が、配列、注釈、複数のアライメント、系統樹、NGSアセンブリなど、さまざまな生物遺伝学データを分析するのに役立ちます。データは、ローカル(パーソナルコンピュータ上)および共有ストレージ(例えば、ラボデータベース)の両方に格納することができる。
UGENEは、ゲノミクス、進化生物学、ウイルス学、およびその他の生命科学の分野において、数多くの有名な生物学的ツール、アルゴリズム、および元のツールを統合しています。 UGENEは、あらかじめ作成されたツール用のグラフィカルユーザーインターフェイス(GUI)を提供するので、コンピュータプログラミングスキルのない生物学者は、これらのツールに簡単にアクセスできます。
UGENE Workflow Designerを使用することで、多段階分析を合理化することができます。ワークフローは、データリーダー、組み込みツールとアルゴリズムを実行するブロック、データライターなどのブロックで構成されています。ブロックは、コマンドラインツールまたはスクリプトを使用して作成できます。ワークフローデザイナで一連のサンプルワークフローを使用して、シーケンスに注釈を付けたり、データフォーマットを変換したり、NGSデータを分析したりすることができます。
UGENEにはグラフィカルインタフェースのほかにコマンドラインインタフェースもあります。それによってワークフローも実行される可能性があります。
パフォーマンスを向上させるため、UGENEはマルチコアプロセッサ(CPU)とグラフィックスプロセッシングユニット(GPU)を使用して、いくつかのアルゴリズムを最適化します。