Modelling biological systems とは

生物システムのモデリングは、システム生物学と数学生物学の重要な課題です。計算システム生物学は、生物システムのコンピュータモデリングの目標を達成するために、効率的なアルゴリズム、データ構造、視覚化およびコミュニケーションツールを開発し、使用することを目指しています。それは、これらの細胞プロセスの複雑な接続を分析し視覚化するために、細胞サブシステム(代謝物、代謝、シグナル伝達経路および遺伝子調節ネットワークを含む代謝産物および酵素のネットワークなど)を含む生物学的システムのコンピュータシミュレーションの使用を含む。
人工生命または仮想進化は、単純な(人工的な)生命体のコンピュータシミュレーションを介して進化過程を理解しようとする。
複雑なシステムの予期せぬ緊急性は、より単純で統合された部分(生物学的組織を参照)の中で原因と結果の相互作用の結果である可能性がある。生物学的システムは、構成要素の複雑な相互作用における緊急特性の多くの重要な例を明らかにする。生物学的システムの従来の研究では、一定量の刺激に応答して経時的な濃度などのデータ量をカテゴリ別に収集する還元的方法が必要です。コンピュータは、これらのデータの分析とモデリングにとって非常に重要です。その目的は、シグナリング経路の弱点を発見するための癌細胞のモデル、または心筋細胞への影響を見るためのイオンチャネル変異のモデル化など、環境および内部刺激に対するシステム応答の正確なリアルタイムモデルを作成することである。次に、鼓動する心臓の機能。

Gamma-Re Transition Model とは

Gamma-Re(y-Re)遷移モデルは、流体流動における層流、層流から乱流および乱気流状態をシミュレートするために、乱流輸送方程式を修正するために計算流体力学(CFD)で使用される2つの等式モデルです。 Gamma-Reモデルは、問題の物理現象をモデル化するつもりはありませんが、広範な実験や遷移方法をその定式化に適合させようとします。遷移モデルは、層流から乱流への遷移位置に乱流生成をゆっくりと導入することによって乱流を作り出す(または消滅させる)断続因子を計算した。

PowerDEVS とは

PowerDEVS [BK011]は、ハイブリッドシステムのシミュレーションに向けたDEVSのモデリングとシミュレーションのための汎用ソフトウェアツールです。環境では、C ++言語のアトミックDEVSモデルを定義し、階層的なブロック図で図形的に結合してより複雑なシステムを作成することができます。
エルネスト・コフマン、フェデリコ・ベルゲロ、グスタボ・ミーゴニ、エンリケ・ハンセン、ホアキン・フェルナンデス、マルセロ・ラパドゥラ、エステバン・パッリエーリョのナサリオ・デ・ロサリオ(アルゼンチン)大学で開発されました。
配布は完全に無料です。

Starlight Information Visualization System とは

Starlightは、もともとPacific Northwest National LaboratoryとFuture Point Systemsによって開発されたソフトウェア製品です。高度なビジュアル解析環境です。情報の視覚化を使用して、個々のデータの重要性を互いに関連づけて示すことに加えて、コラボレーションとデータ共有、データの変換、処理、拡張とロードに役立つ小さなツールスイートも含まれています。
インテリジェンスコミュニティ向けに開発されたこのソフトウェアは、ユーザーがXMLファイル、データベース、RSSフィード、Webサービス、HTMLファイル、Microsoft Word、PowerPoint、Excel、CSV、Adobe PDF、TXTファイルなどからデータを読み込み、解析することができます。さまざまなビジュアライゼーションとツールを使用しています。このシステムは、構造化された、構造化されていない、地理空間的な、そしてマルチメディアのデータを統合しており、複数の抽象レベルで同時に、ほぼリアルタイムで情報の比較を提供します。さらにStarlightを使用すると、Starlight Data Engineer(SDE)のアルゴリズム、ターゲット正規化リスト、および正規表現の組み合わせを使用して、独自の名前付きエンティティ抽出プログラムを構築することができます。
例として、Starlightを使用して、化学物質の流出に関する記録を含むデータベース内の相関関係を探すことができます。分析者は、一般的な傾向を明らかにするために流出の原因に応じてレコードをグループ化することから始めることができます。データをもう一度ソートすると、担当する会社、機器の年齢、地理的位置など、関連する詳細に基づいてさまざまな色を適用できます。マップと写真をディスプレイに統合することができ、複数の変数間の接続を認識しやすくなりました。
Starlightは、イラク戦争とアフガニスタン戦争の両方に配備され、多数の大規模プロジェクトで使用されています。
PNNLは、陸軍情報セキュリティ司令部の一員である土地情報戦争庁からの資金提供を受けて、90年代半ばにStarlightの開発を開始し、NSAとCIAからの資金提供を受けて研究室で開発を続けました。 Starlightは、レポート、ラジオのトランスクリプト、レーダー信号、地図などのビジュアル表現を統合しています。このソフトウェアシステムは、最近、技術革新のためのR&D 100賞を受賞しました。
2006年、シリコンバレーのスタートアップであるフューチャーポイントシステムズは、パシフィック・ノースウエスト国立研究所と協力してStarlight製品を共同開発し、配布する権利を取得しました。
このソフトウェアは現在、いくつかの商業環境において軍事/情報コミュニティの外で使用されています。

Verification and validation of computer simulation models とは

コンピュータシミュレーションモデルの検証と検証は、正確で信頼性の高いモデルを作成するという最終的な目標を持つシミュレーションモデルの開発中に行われます。 「これらのモデルの開発者とユーザー、これらのモデルの結果から得られた情報を使用する意思決定者、およびそのモデルに基づいた意思決定の影響を受ける個人は、次のようになります。モデルとその結果が「正しい」かどうかに関係しています。この懸念は、シミュレーションモデルの検証と検証によって対処されます。
シミュレーションモデルは実世界システムの近似模倣であり、実世界システムを正確に真似ることはありません。そのため、モデルは、意図された目的または用途のモデルに必要な程度まで検証し、検証する必要があります。
シミュレーションモデルの検証と検証は、機能仕様が文書化され、初期モデル開発が完了した後に開始されます。検証と検証は、モデルの開発中に繰り返されるプロセスです。

Human Brain Project とは

Human Brain Project(HBP)は、欧州各地の研究者が神経科学、コンピューティング、科学技術の分野で知識を深めることを可能にする、共同研究のためのICTベースの科学研究インフラストラクチャを構築することを目指して、超大型スーパーコンピュータをベースにした大規模な10年の科学研究プロジェクトです。脳関連の薬です。 2013年10月1日に開始されたこのプロジェクトは、欧州委員会の将来および新興技術の旗艦です。 HBPはローザンヌÉcolePolytechniqueFédéralede Lausanneによって調整されており、主に欧州連合(EU)の資金提供を受けています。プロジェクトはスイスのジュネーブを拠点としています。

Vis5D とは

Vis5Dは主に気象シミュレーションのアニメーション3Dビジュアライゼーションに使用される3Dビジュアライゼーションシステムです。時間ダイナミックボリュームデータセットと最初のオープンソース3Dビジュアライゼーションシステムの完全なインタラクティブなアニメーション3Dディスプレイを制作した最初のシステムでした。 GNU GPLライセンスです。

Tensor glyph とは

科学的視覚化では、テンソルグリフは、 3 × 3 {\displaystyle 3\times 3} 行列の加速度、ねじれ、またはせん断などの9自由度のすべてまたはほとんどを視覚化できるオブジェクトです。テンソルフィールドの視覚化に使用され、グリッド内のすべてのポイントでデータマトリックスが利用可能です。 「グリフやアイコンは、基本幾何プリミティブの形状、サイズ、向き、表面の外観にマッピングすることで、複数のデータ値を表現します。」テンソルグリフは、多変量データグリフの特殊なケースです。
一般的に使用される特定の種類のグリフがあります。
 楕円体のCuboid円柱のスーパークォード
Thomas SchultzとGordon Kindlmannによると、特定の種類のテンソルフィールドは、「科学的および生物医学的研究ならびに画像解析および特徴抽出法において中心的役割を果たす」と述べている。

Urgent computing とは

急速なコンピューティングが優先され、緊急の懸案事項の際の厳しい天気予報などの緊急時の計算のために、スーパーコンピュータとグリッドに即座にアクセスできます。
重要な緊急事態の際に意思決定者に情報を提供するアプリケーションは、ジョブキューで待つ時間を無駄にせず、できるだけ早く計算リソースにアクセスする必要があります。